Κατά τη διάρκεια του πρώτου κύματος της πανδημίας φάνηκε πως το lockdown επηρέασε τους εμβολιασμούς παιδιών και πολύ περισσότερο των εφήβων. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα την μη αναπλήρωση των ήδη καθυστερημένων εμβολιασμών και την πτώση της εμβολιαστικής κάλυψης για διάφορα σοβαρά νοσήματα, όπως είναι ο μηνιγγιτιδόκοκκος.

Σύμφωνα με στοιχεία του υπουργείου υγείας, μεγάλη μείωση της τάξης του 70% παρατηρήθηκε πέρυσι την άνοιξη στον εμβολιασμό των εφήβων που δεν αναπληρώθηκε ποτέ. Από τις αρχές του 2021 παρατηρείται πόσο έχει επηρεάσει τον εμβολιασμό παιδιών και εφήβων το δεύτερο lockdown, με εκ νέου μείωση της τάξης του 20% στα μικρότερα παιδιά και 30% με 40% στους εμβολιασμούς των εφήβων.